Монастырь датируют примерно XIII веком. Сохранилось мало сведений о раннем и в частности княжеском периоде (до завоевания Львова Казимиром III). Также существует довольно специфический документ, касающийся древнего монастыря - фальсифицированная в XV веке грамота о якобы предоставлен в 1292 году привилегия церкви св. Николая от короля Руси Льва Даниловича, в котором, в частности упоминается Онуфриевский монастырь. Этот фальсифицированный привилегия была подтверждена королем Казимиром IV Ягеллончиком в 1448 году. В 1460 и1463 годах львовский мещанин Степан Дропан сделал пожертвования на монастырь (дата определенное время считалась датой основания).В 1573 году Иван Федоров основал в монастыре типографию, с которой вышли львовский «Апостол» и «Букварь». Королевский акт от 15 октября 1582 позволял монастырю пользоваться водопроводом, который проходил его территорией.
Монастырь стал одним «камней преткновения» в отношениях между владыкой Гедеоном (Балабаном) и Львовским братством. 13 ноября 1589 константинопольский патриарх Иеремия II освободил монастырь от подчинения Унивскому монастырю. С этого времени он находился под протекторатом Львовской Ставропигии (подчинялся, по одним сведениям, непосредственно Константинопольскому патриарху по другим - митрополиту).
Монастырь пострадал от большого пожара Краковского предместья в 1623 и во время турецкой осады в 1672 году.
После пожара и турецко-татарской осады храм отстроен и заново освящен 10 октября 1680 епископом Иосифом Шумлянским. В 1770 году неизвестный Почаевский архитектор выполнил проект полностью новой церкви и монастыря в барочных формах, который однако не был реализован. В 1776 церкви соединили в один объем под руководством архитектора Франциска Кульчицкого. 1777року была разобрана стена, отделявшая неф от презбитерия, имела проходы на месте царских и диаконов ворот иконостаса. Данная стена - архаичный архитектурный элемент, характерный для украинских церквей XV-XVI вв. Современный вид церкви - это конгломерат разновременных наслоений.
Строительство первичной колокольни начато в 1554, колокольня была невысокой. Колокольня же время была главными воротами . В 1681 году сделана деревянная надстройка. Точную локализацию колокольни не установлено. Известно, что она имела оборонное значение - на ней были размещены пушки. В 1820 году построена новая колокольня по проекту Франца Трешера, что сохранилась по сей день.
В 1688 году разобран деревянный забор, на месте которого в течение 1693-1698 годов была построена стена вокруг территории монастыря. На северной границе с владениями армянского монастыря св. Анны стены не было, во время вражеских набегов монастыре образовывали единый оборонный комплекс . Лестницы к воротам построены в 1780 году. В 1815-1819 годах проведена надстройка второго этажа келий. Это было связано с переселением группы василиян с отмененного монастыря при соборе святого Юра.
С 1708 г., После перехода Львовской Ставропигии на унию, подчинялся Риму. От 1762 стал независимым от Стравропигии. В 1767 году монастырь стал василианским.
Монастырь просуществовал до 1946 года (ликвидирован московско-большевистской властью). Центральный василианский архив и библиотеку, которые размещались в то время в монастыре, распределили между государственными архивами и библиотеками.
В советский период помещение использовались Музеем этнографии. 1977 здесь открыт Музей Ивана Федоровича (Федорова - по советской версии). В том же году на территории монастыря находится трехфигурная композицию, изображающую Ивана Федоровича с двумя помощниками. Скульптор А. Галян. В 1989 году монастырь возвращен василианам. Музей перенесено в помещения на улице Коперника и сейчас называется Музей искусства древней украинской книги. Скульптурная группа также перенесена.
На месте нынешнего монастырского сада с конца XVI века было кладбище монахов монастыря и прихожан Успенской церкви. Кроме Ивана Федоровича, здесь были похоронены Арсен Радкевич (1759-1821), Модест Гриневецкий (1758-1823), Феофан Голдаевич (1822).