Основан в 1965 году при кафедре зоологии Крымского педагогического института по инициативе всемирно известного зоолога, исследователя гельминтов морских млекопитающих профессора С.Л. Делямуре. Наибольший вклад в его создание и развитие внесли: Заслуженный деятель культуры Украины М.И. Глобенко, возглавлявшая музей в течение сорока лет, профессора: А.С. Скрябин и М.В. Юрахно, нынешняя заведующая И.Н. Грищенко, доцент А.А. Стрюков, ассистенты В.В. Соловьев и Д.Б. Старцев, старшие лаборанты И.М. Тайков, В.А. Кузнецов и студент Р. Лапин.
Последняя реконструкция осуществлена в 2003 году, благодаря помощи ректора университета профессора Н.В. Багрова.
Экспонаты собраны сотрудниками кафедры зоологии в 62 научных экспедициях в различные районы планеты, в том числе в самые труднодоступные акватории Арктики и Антарктики.
Наиболее ценными оказались антарктические экспедиции проф. А.С. Скрябина (1963-1964 гг. и 1965-1966 гг.) и проф. М.В. Юрахно (1986-1987 гг.). В них были исследованы 2006 китов и 364 тюленя. Собран уникальный гельминтологический материал, добыты интереснейшие музейные экспонаты. Всего же сотрудниками кафедры вскрыто не менее 10000 морских зверей. Описано 65 новых для науки видов гельминтов. Обоснованы 7 новых родов и 6 новых семейств. Некоторые открытия имеют общебиологическое значение.
Большую ценность для музея представляет коллекция пауков, собранная доц. Н.М. Ковблюком. В ней около 80 тыс. экспонатов, в том числе 12 новых для науки видов.
Экспонаты из экспедиций доставлялись в Симферополь с неимоверными трудностями, иногда с риском для жизни. Затем умелыми руками таксидермистов они монтировались в музее, который постепенно превратился в экспозицию животных всех климатических поясов Земного шара.
Особую привлекательность музею придает обилие высокохудожественных озвученных диорам. Они кажутся окнами в настоящую живую природу. В диораме «Арктика» посетители видят скалистый берег Чукотки, забитое льдами Чукотское море с тюленями и моржами. Слышатся крики чаек, свисты дельфинов, «песня» горбатого кита, подводная локация моржа. На переднем плане – моржиха с детенышем, доставленная проф. М.В. Юрахно с Аляски. Это единственный экспонат животного данного вида среди музеев Украины. Перед диорамой на потолке смонтирована нижняя челюсть кашалота, привезенная проф. А.С. Скрябиным из Антарктики.
  В диораме «Антарктика» представлены впечатляющие своими размерами морской леопард, тюлень-крабоед, тюлень Уэдделла. Слышатся звуки, издаваемые самым крупным представителем отряда Ластоногих – морским слоном. Вес крупных самцов достигает пяти тонн.
Диорама «Командорские острова» встречает посетителей многоголосым птичьим базаром. Скалы буквально облеплены белогрудыми кайрами, ипатками, топорками, бакланами, чайками. Внизу ворчат морские котики, сивучи, островной тюлень. Большое впечатление производит диорама «Пингвины». Простуженными голосами приветствуют экскурсантов императорский, королевский, антарктический, хохлатый (золотоволосый) и другие пернатые обитатели ледяного континента.
Теплом и светом веет от диорамы «Африканская саванна». Трубно кричат слоны, грозно ревут львы, хохочут гиены. А на горизонте безмятежно поднимается в небо самая высокая гора Африки – Килиманджаро.
Диорама «Тропический остров» дает представление о многообразии морских черепах (суповая, широкоголовая, кожистая и др.) и голосистых пернатых жителей данного климатического пояса: фрегатов, олуш, фаэтонов.
Многочисленны в музее морские рыбы: и в диорамах коралловых островов, и на специальных стендах.
Не оставляет равнодушными диорама «Крымский природный заповедник». В утреннем лесу слышны звонкие голоса птиц и могучий рев благородного оленя . Радуют глаз краснокнижные черные грифы и белоголовые сипы. Эти пернатые великаны являются настоящим украшением Крымских гор.
Реконструкция музея не закончена. Предстоит создать новую экспозицию беспозвоночных животных – простейших, губок, коралловых полипов, низших и высших червей, моллюсков, ракообразных, паукообразных, насекомых, иглокожих и др. Собран большой палеонтологический материал, который воссоздаст далекое прошлое нашего полуострова.
Ежегодно музей посещают более 5 тысяч студентов, школьников и гостей Крыма. Он превратился в популярный научно-просветительный центр республиканского значения.
Украина, Автономная Республика Крым, 95007 г. Симферополь, пр. Вернадского, 4